工具百宝箱

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AutoDock Vina 多配体对接(Multi-ligand docking)

多个配体同时对接，输入蛋白pdb文件,配体pdb/mol2文件的压缩包(zip)，多配体分子对接

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AutoDock Vina 批量配体分子对接(Batch ligand docking)

输入蛋白pdb文件的压缩包(zip),配体pdb/mol2文件的压缩包(zip)，批量分子对接(两两对接)

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AutoDock Vina 重对接(redocking)

已知口袋坐标和大小，输入蛋白和配体pdbqt文件，对接口袋信息，自动对接

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AutoDock Vina 盲对接(blind-docking)

未知口袋坐标与大小，输入蛋白和配体pdbqt文件，全局搜索，进行盲对接

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GRASP

融合实验约束的蛋白质复合物结构预测工具

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ModelAngelo

高精度单颗粒三维冷冻电镜密度图建模工具

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RosettaFold3结构预测

预测生物大分子三维结构的工具

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ToxinPred

基于 ToxinPred3 模型对输入的肽/蛋白氨基酸序列进行毒性预测

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OmegaFold 蛋白质结构预测

输入蛋白序列，预测蛋白质结构

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Boltz-2

Boltz-2 是一个新的生物分子基础模型，通过联合建模复杂结构和结合亲和力，这是准确分子设计的关键组成部分

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IntelliFold

IntelliFold 是一个用于通用和专业生物分子结构预测的可控基础模型

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MUSCLE v5 多序列比对生成

基于扰动隐马尔可夫模型的多序列比对算法，生成高精度多序列比对结果

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Foldtree

基于蛋白质三维结构生成系统发育树

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MAFFT MSA Generation

使用 MAFFT 与 phmmer 的完整多序列比对流程，自动筛选参考序列并生成高质量的 MSA 结果

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FastTree 系统发育树构建

使用 FastTree 从大规模序列比对快速推断近似最大似然系统发育树，支持蛋白质和核苷酸序列

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SPONGE-FEP

炼金术自由能微扰计算蛋白-小分子的相对结合自由能

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MM/GBSA

MM/GBSA 计算蛋白-小分子的相对结合自由能

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GROMACS 2023.2 分子动力学模拟_蛋白体系

上传蛋白质 PDB/cif 文件后，可自动开展蛋白质分子动力学模拟，并生成可视化轨迹和标准化分析报告。输出内容包括 RMSD、RMSF、SASA、回转半径、氢键数量等分析曲线，以及 2D/3D Gibbs 自由能形貌图和结构稳定性量化统计指标，用于评估蛋白结构在模拟过程中的动态稳定性与构象变化。

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MACE Simulation

使用MACE势函数对分子/晶体结构进行结构弛豫和分子动力学模拟

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Training-Set-Parser

读入数据集进行分析和清洗

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MACE Reaction

NEB/Sella/IRC/CCQN 反应路径与过渡态搜索工具集（基于 mace_asekit）

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MACE-Train-Kit

A Kit for MACE Train and utils

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ClusterProt 蛋白质结构聚类

基于结构相似性聚类相同长度的蛋白质，识别替代构象和突变体结构影响

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ProSST 突变效应预测

基于蛋白质序列和结构信息的突变效应预测工具，用于蛋白质工程和药物设计

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ANARCII 抗原受体分类和注释

基于语言模型的抗原受体分类和注释工具，支持抗体和T细胞受体的高吞吐量分析

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酶催化常数预测工具 CatPred

预测酶催化反应的 kcat, Km, Ki

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EvoEF2

EvoEF2是一个蛋白质结构评估与设计工具，可根据给定蛋白质结构计算能量评分。

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In-Silico Protein Directed Evolution

机器学习辅助的蛋白质定向进化

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Rosetta Interface Analyzer

用 Rosetta 分析蛋白-蛋白的结合界面

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DeepImmuno 免疫原性预测

基于深度学习的肽段-MHC复合物免疫原性预测工具，用于疫苗和免疫治疗开发

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DR-BERT 蛋白质无序区域预测

基于BERT的蛋白质内在无序区域(IDR)预测工具，用于蛋白质结构和功能分析

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RFdiffusion3 蛋白质设计

基于全原子扩散模型的复杂蛋白质设计工具，支持酶设计、结合剂设计、对称设计等多种任务

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RFdiffusion2 蛋白质设计

基于扩散模型的蛋白质设计工具，支持从头设计、配体结合蛋白设计、酶设计等多种任务

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BoltzGen

BoltzGen是一个用于生物分子结合物设计的通用全原子生成模型。

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Chai-1

Chai-1复合物结构预测

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BindCraft 蛋白质结合物设计

基于 ProteinMPNN + AlphaFold2 (ColabFold) 的 GPU 结合物设计工具，支持抗体、纳米抗体与肽类结合分子的端到端生成与评估。完整实现 BindCraft 核心功能。

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ML Conformer Generator

使用等变扩散模型（EDM）和图卷积网络（GCN）进行形状约束的分子构象生成，支持形状引导、参考构象相似性和片段修复。

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GenMol 分子生成

基于离散扩散模型的药物发现通用工具 (已验证: De Novo 99.6%, Fragment 100%, Lead 85%)

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PocketFlow

PocketFlow 是一个基于深度学习的蛋白质口袋条件分子生成工具，结合蛋白质口袋几何与化学特征，在三维空间中生成满足化学规则的候选配体分子。

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Mordred 分子描述符计算器

计算 1800+ 个高分辨率 2D/3D 分子描述符，用于 QSAR、药物设计和虚拟筛选

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RDKit 相似分子查找

基于RDKit的分子相似性查找工具，用户提供目标SMILES和分子库，快速找到最相似的分子

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Conformer Generator

使用RDKit生成、优化和分析分子构象

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Kluster分子聚类分析工具

对分子数据集进行聚类分析，支持多种聚类算法和分子描述符，发现分子间的相似性模式和结构关系

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ORCA单点能计算器

量子化学计算软件包

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ORCA过渡态计算

量子化学计算软件包

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ORCA_Optimizer

量子化学计算软件包

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PDB2PQR

将输入的PDB文件转为PQR文件并输出。

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PDB 修复工具 PDBFixer

修复 PDB 文件中的常见问题

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PDB-mmCIF Converter

PDB与mmCIF格式转换器 - 蛋白质结构文件格式互转工具

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DockQ蛋白质对接质量评估工具

评估蛋白质-蛋白质对接模型质量，使用Fnat、LRMS、iRMS等指标进行定量分析（目前仅支持双链比对！！！）

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RMSD Calculator

使用 Kabsch 算法计算两个分子结构之间的 RMSD 值

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ORCA激发态光谱计算

量子化学计算软件包

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ORCABSSE结合能计算器

量子化学计算软件包

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ORCA_Optimizer_flow

量子化学计算软件包

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GROMACS 2023.2 分子动力学模拟_蛋白和小分子复合物体系

蛋白-小分子复合物 GROMACS 分子动力学模拟工具，蛋白部分采用 amber14SB_ROC_lipid17 力场，水模型为 TIP3P；小分子配体通过 acpype/antechamber 参数化，采用 GAFF2 配体力场，电荷类型为 AM1-BCC（BCC）电荷。支持 Autodock Vina 对接结果配体键级修复，输出可视化轨迹、九宫格分析曲线、2D/3D Gibbs 自由能图和结构量化统计。适用于单蛋白-单一小分子配体体系,蛋白需为由标准氨基酸组成。

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multiwfn_resp

通过集成 Multiwfn， 解析ORCA输出文件，计算RESP电荷。

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sobtop2gromacs

通过sobtop得到用于gromacs模拟的力场参数文件。

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MultiwfnCubeGenerator

使用Multiwfn生成分子HOMO/LUMO的cube文件，同时利用xyzredner自动生成HOMO/LUMO等值面

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PySCF TDDFT-ris 计算器

基于 formatted checkpoint 文件的 PySCF TDDFT-ris 激发能计算工具。

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文件下载器

分子结构数据获取工具 — 输入 PDB ID、UniProt ID 或 PubChem CID，自动从 RCSB PDB、AlphaFold DB 或 PubChem 下载结构文件

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AutoDock Vina 盲对接(blind-docking)

未知口袋坐标与大小，输入蛋白和配体pdbqt文件，全局搜索，进行盲对接

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pes_analyzer

pes_analyzer

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gromacs分子动力学模拟蛋白和小分子复合物beta版-多配体

本工具支持基于蛋白-配体复合物 PDB 文件开展分子动力学模拟。针对 AutoDock Vina 对接结果常缺失配体键级信息的问题，新版本内置了键级智能修复功能，支持 Vina 输出文件的直接导入与无缝衔接。当前版本专为‘单蛋白-单一（或者多个相同的）配体’体系优化。

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NEB方法猜过渡态

量子化学计算软件包

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ORCA Fukui函数计算器

量子化学计算软件包

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ORCA显式溶剂添加器

量子化学计算软件包

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ORCA振动光谱计算器

量子化学计算软件包

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ORCA_IRC

量子化学计算软件包

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ProLIF

用于分析分子对接结果中的蛋白-配体相互作用，仅支持由标准残基组成的蛋白和配体的复合物。